Автоматический перенос остатков по счетам бухгалтерского учета из программы "1С:Бухгалтерия предприятия ред.2.5" в "1С:ВДГБ:Бухгалтерия для НКО" - задача на порядок сложнее, типовых механизмов нет.
"1С:Бухгалтерия предприятия, ред 2.0" пока еще не доработали для свертки, но можно подкорректировать обработку с ИТС "Свертка данных" и свернуть копию рабочей базы на нужную дату, что даст возможность зафиксировать остатки на нужный период. Далее, используя обработку "Обмен данными в формате XML" необходимо перенести документы ввода остатков ("Операция") и документы за период.